Wyróżniony Medalem Młodego Uczonego w 2007 r., za konstrukcję tomografu optycznego do badania siatkówki oka oraz wkład w rozwój metod badań okulistycznych.
Prace doktora Wojtkowskiego umożliwiły konstrukcję tomografu w postaci urządzenia klinicznego do obserwacji siatkówki i komory przedniej oka ludzkiego w trzech wymiarach z wysoką rozdzielczością osiową rzędu 3 mikrometrów. Prototyp urządzenia używany jest w klinice okulistycznej Collegium Medicum UMK w Bydgoszczy.