Wyróżniona Medalem Młodego Uczonego w 2008 r., za praktyczne wykorzystanie mechanizmów rządzących procesami biosorpcji i bioakumulacji w formie przyjaznej dla zdrowia i środowiska.
Dr Chojnacka opracowała nowatorską metodę oczyszczania ścieków przemysłowych z jonów metali ciężkich z wykorzystaniem mikroalg, metodę umożliwiającą prognozowanie stężenia zanieczyszczeń w roślinach na podstawie znajomości składu gleby oraz metodę otrzymywania nowej generacji mineralnych dodatków na bazie biomasy mikro- i makroalg.